请问肿瘤基因检测在靶向用药基因检测、疗效基因检测、易感基因检测、早筛方面的技术难点到底是什么？尽量具体

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请问肿瘤基因检测在靶向用药基因检测、疗效基因检测、易感基因检测、早筛方面的技术难点到底是什么？尽量具体
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继续前进

近年来，以二代测序为代表的高通量测序技术使检测通量提高至全外显子和全基因组水平，在胰腺癌发病机制，分子分型和药效研究中发挥了重要作用。然而，由于胰腺癌分子分型的复杂性及肿瘤的异质性，绝大多数变异信息的生物学特别是临床意义仍不够明确；针对胰腺癌常见的驱动基因如 KRAS、TP53、CDKN2A 和 SMAD4 等尚无有效的靶向药物，上述因素限制了基因学检测在胰腺癌临床诊治中的应用。
近年来，基于生物标记物的靶向和免疫治疗在胰腺癌中的临床应用中初现曙光。有研究结果显示，对于 EGFR扩增并 KRAS基因野生型的局部进展或合并远处转移的胰腺癌病人，尼妥珠单抗联合吉西他滨治疗可延长病人的总体生存时间，但临床符合该条件的病人较少。
POLO 研究（Ⅲ期临床试验）结果证实，携带胚系 BRCA1/2基因突变的晚期胰腺癌病人可从铂类药物化疗有效后的聚腺苷二磷酸核糖聚合酶（PARP）抑制剂奥拉帕利维持治疗中获益。泛肿瘤的药物研究证实，对于存在 NTRK 基因融合的局部进展期或远处转移的胰腺癌病人可使用拉罗替尼或恩曲替尼治疗；对于具有 MSI-H或 dMMR分子特征的转移性胰腺癌病人，免疫检查点抑制剂 PD-1 单克隆抗体显示出良好的治疗效果。此外，一些基因状态可指导胰腺癌化疗方案的选择，如合并 BRCA1/2 和 PALB2 基因突变的胰腺癌病人，对含铂类药物的化疗方案较为敏感。除上述在胰腺癌中具有一定临床指导意义的基因检测外，还可对在其他肿瘤中已经证实的可干预的基因变异进行检测，以发现更多潜在的治疗机会，这些变异包括但不限于：同源重组修复通路基因（除 BRCA1/2、PALB2 外）、同源重组修复缺陷（基于基因组瘢痕评分）、HER2 扩增、ALK融合、ROS1融合等。
推荐意见37： 建议所有确诊的胰腺癌病人进行胚系胰腺癌易感基因检测； 对于致病性或可能致病性胚系变异基因的携带者， 在专业机构进行遗传咨询或在高流量的胰腺中心进行筛查。
推荐意见 38： 胰腺癌病人均应进行 BRCA1/2、 PALB2、MSI-H/dMMR、 TMB检测。
推荐意见 39： 优先使用肿瘤组织进行基因学检测， 如肿瘤组织检测不可行， 可考虑行细胞游离DNA检测。
胰腺癌术后病人随访
基于胰腺癌恶性度极高的生物学行为，病人术后仍合并较高的肿瘤复发风险，部分病人术后早期即出现局部复发或远处转移。Groot等回顾性分析了957例胰腺癌术后病人的临床资料，随访期间肿瘤复发率为 88.7%，其中51.5%的病人是在术后 1 年内出现局部复发或远处转移。中国胰腺疾病大数据中心纳入了 2016－2019年共 3279例胰腺癌术后病人数据，术后 9个月内复发率为 45.87%。可见，术后定期复查、密切随访极为重要。术后 2 年内，建议每 3个月复查血清肿瘤标记物，每 6个月行 CT或 MRI等影像学检查；术后 2 年后延长至每 6 个月复查血清肿瘤标记物，每12个月行影像学复查。其间如有血清肿瘤标记物升高、淋巴结肿大等复发可疑征象，应及时进一步排查明确。随访期间除监测肿瘤复发外，还应特别关注其他手术相关并发症如胰腺内外分泌功能、营养状态等，并联合MDT 及 时 干 预 并 调 整 治 疗 方 案 。 从 社 会 心 理 肿 瘤 学（psychosocio-oncology）的角度，对终末期病人除对症治疗外，应重视心理、精神层面的疏导干预，最大限度改善病人的生活质量。
推荐意见 40：胰腺癌术后病人存在高复发风险，应密切随访复查

检验医师

在基因检测领域有一个段子：生物学家、癌症医生和基因检测专家都可以集体退休了——你们讲 100 次公开课还不如安吉丽娜·朱莉的短短声明产生的「安吉丽娜·朱莉效应」有用。当然这也只是一个段子，安吉丽娜·朱莉进行乳腺癌基因排查并且切除掉了自己的乳腺，这种勇敢行为非常值得我们敬佩。从公众认识的角度说，安吉丽娜效应普及了一个重要的基础知识——癌症是与基因突变密切相关的。
我们知道，癌症细胞是生长不受控制的身体细胞，如果用一句话概括癌症细胞形成的原因，就是「不断积累的基因突变导致正常细胞无限制生长，形成癌细胞」。
为什么原本正常的细胞会「叛变」，脱离身体控制，转过头来攻击身体？
对于细胞生长，我们的身体是有完善的机制进行控制的。基因对于细胞生长的调控就像在开车，「油门」基因负责保持生长速度，让我们身体的细胞不断得到更新。例如我们身体每天产生数百亿的白细胞，负责保证我们免疫系统功能正常。另一系列「刹车」基因负责减缓或者终止细胞生长，以供新生细胞代替原来功能。如人体每天有上百万的皮肤细胞死亡、脱落，这就是「刹车基因」所调控的。在生物学里面，有一部分「油门基因」会产生突变，造成癌症，我们就把这部分基因称为「原癌基因」；而控制生长的「刹车基因」就称为抑癌基因。
从 1970 年第一个原癌基因和 1971 年第一个抑癌基因被发现开始，我们已经陆续确定了上百个原癌基因和抑癌基因。经过对癌症病人的大量检测，科学家发现并不是每一个癌症病人的基因突变都是一样的，有的病人是原癌基因突变，如研究比较多的控制生长的 EGFR 基因……

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继续前进

2017年2月，国家癌症中心公布了2013年的发病和死亡数据。每天约1万人诊断癌症，每分钟约7人确诊患癌。与2012年相比，癌症新发人数继续上升，从358万增加到368万，增幅3%。
肿瘤已经成为一种常见疾病，免疫系统在肿瘤发生、发展的过程中发挥着重要的作用。肿瘤免疫学是研究肿瘤的抗原性、机体的免疫功能与肿瘤发生、发展的相互关系，机体对肿瘤的免疫应答，免疫诊断和免疫防治的科学。随着分子生物学和免疫学的深入研究，研究者已经认识到肿瘤细胞存在着与正常组织不同的抗原成分，即“肿瘤标志物”，通过检测这些标志物，可以达到诊断肿瘤的目的，因此恶性肿瘤的风险筛查，逐渐成为健康体检中重要的筛查项目之一。
据了解，在发病率前十位的恶性肿瘤中，早期和晚期的生存率存在较大差别。例如：早期（局灶性）肺癌、结肠癌和乳腺癌的五年生存率分别为50%、90%和98%，而一旦发展至晚期，五年生存率仅为3%、10%和27%。因此，肿瘤的早发现、早诊断对于治疗和预后具有举足轻重的作用，也是降低死亡率的最有效办法。
早期发现、早期诊断、早期治疗是治愈的关键:世界卫生组织最近的统计数据显示，癌症患者如果能早期发现，治愈率可达到80%。
事实上，早发现、早诊断、早治疗的预防理论适用于所有疾病，但在实操的过程中，如何做到三早则需要具体的检查方法。
问题也就出在了这里。当选择何种手段和方法来进行恶性肿瘤的早期筛查的研究还在探讨当中的时候，某些机构则开始热衷于选取那些尚处于实验阶段的“肿瘤标志物”作为检测指标并大举推而广之，而往往忽略了肿瘤标志物检测的准确性和特异性。
早期发现的方法:
包括形态学、影像学、肿瘤标志物检测等，前两种方法只在肿瘤生长到一定大小时才能发现，此时一些病人早已错过肿瘤的早期阶段，尤其是已有症状的患者，影像检查发现时约80%的肿瘤已到中晚期。目前肿瘤标志物检测技术被认为是早期发现无症状肿瘤的有效途径。
然而，由于绝大多数肿瘤标志物可同时存在于恶性肿瘤及某些良性肿瘤、炎症、甚至正常组织中。即大多肿瘤标志物缺乏特异性，许多良恶性病变均可导致其异常，因此其升高不一定都是肿瘤。
此外，肿瘤细胞具有高度异质性，即肿瘤标志物具有多样性，表型各异。只有检测到肿瘤特异性的标志物，即肿瘤靶标，才能预示肿瘤的早期发现。
肿瘤特异性多靶点液相芯片检测系统
某某生物经过10多年的基础研究，在癌症早期检测领域取得了重大突破：某某生物经过庞大的肿瘤组织库特异性筛选，确定了针对25种常见肿瘤的300多种高特异性的肿瘤靶标，开发出国内外首张肿瘤特异性多靶点液相芯片，建立了肿瘤多靶点的高通量检测方法。
某某生物经过十几年的基础研究，从30万例的临床活检标本中筛选出近3万例符合临床病理诊断标准的肿瘤活检组织，建立了国内外最大的肿瘤组织标本库。某某自主设计合成的靶标，经过组织库特异性筛选，只在特定肿瘤组织高表达，在正常组织及其他肿瘤组织不表达，具有高特异性。
利用某某生物的肿瘤特异性多靶点液相芯片检测系统，只需0.5ml血清，就能完成针对25种恶性肿瘤的300多种靶标的检测，可用于健康人群的早期筛查和肿瘤患者的预后评估。
与目前临床应用的肿瘤检测相比，某某生物的肿瘤特异性多靶点液相芯片检测具有明显的技术优势：
1、肿瘤靶标种类：某某生物能够进行300多种肿瘤靶标的检测，可同时检测25种肿瘤；而其他检测技术只检测十几种肿瘤标志物的表达，对于肿瘤检测缺乏特异性。
2、分病种检测：某某生物的检测能够区分25种肿瘤病种，针对每种肿瘤的靶标都在10种以上；其他检测用到的肿瘤标志物是通用型的，检测出来也不能诊断是何种肿瘤；
3、特异性：某某生物的靶标，经过组织库特异性筛选，只在特定肿瘤组织高表达，在正常组织及其他肿瘤组织不表达，具有高特异性；其他检测技术应用的肿瘤标志物缺乏特异性，可同时存在于恶性肿瘤及某些良性肿瘤、炎症、甚至正常组织中。
4、肿瘤早期筛查：某某生物的靶标在正常组织不表达，检测出阳性靶标，提示肿瘤风险预警，从而做到早预防早干预；其他肿瘤标志物检测缺乏特异性，不能作为肿瘤早期筛查的有效手段。
5、指导治疗：某某的肿瘤特异性多靶点液相芯片检测可筛选确定患者阳性表达靶标，含原发灶及转移灶的有效靶标，进行阳性靶标私人定制，执行MCTL®个体化治疗；其他检测技术对于临床治疗没有指导意义。
6、疗效评价：某某的肿瘤特异性多靶点液相芯片检测可跟踪监测肿瘤靶标的变化，进行疗效评价，及时调整靶标方案；
7、肿瘤系统性检测：某某的肿瘤特异性多靶点液相芯片检测可针对消化系统、呼吸系统、泌尿系统等肿瘤进行特异性系统性检测，提示转移风险，而其他检测技术很难做到；
8、注册证：某某生物用于检测的靶标已经形成了产品，可溯源，并获得了SFDA注册证；而其他检测技术应用的试剂缺少相应资质。

队长是我

y基因检测的难点一个是检测的准确，@潘生丁已经说的很全面了，这方面非我擅长，只学习，不评论。
另一个难点在于如何解读。
q上面有说需要强大的数据库，没错，这是个问题。然而我们的数据库里的基础知识是什么样的？



这是一个例子。说的是在淋巴瘤中，MYD88基因发生L265P突变的患者，对于JAK抑制剂敏感。如果您是淋巴瘤，又有这个突变，那么可以参考使用JAK抑制剂。这一条的来源是一篇文献，PUMD编号是21179087 这是一个文献网站，NCBI.nlm.nih.gov. 由于仅仅来自一篇文献，且不是临床数据，其可信度并不高，只有Level3， 临床前数据。
数据库中大部分数据都是这样的，有些来源于临床数据的，更高些，有些来源于FDA批准的检测方案的数据，那么就是最高等级的证据。
看来源，看适应症。
但是，可怕的但是。就是FDA的提供的指南建议是不是100%准确呢？不是。可能准确率只有60%，甚至是错的。
比如爱必妥必须用于Kras野生型的肺癌患者。这个FDA的建议就是错的。部分Kras突变患者同样可以从爱必妥治疗中受益。
而这种文献报道，绝大多数只不过是发现有这个突变的模型/患者药效与没有这个突变的模型，患者药效有 显著差异。
并不是说，有了这个突变你就肯定对Jak抑制剂敏感，而是对这个抑制剂敏感的可能性更高。对于个体来说，你依然有可能不敏感。
这就难住了解读测序结果的人。
即使测序结果全对的，而且准确区分了正常和肿瘤组织。你依然可能无法赋予找到的这些突变任何实际意义。实际上，只有10%左右的测序案例能够依据测序结果给患者提供治疗建议。其他的连建议都无法提供，更枉论这些建议是不是真的可靠了（参加上面的例子，这不是非黑即白的建议，只不过是几率更高而已）。
如何将测序结果和临床结果相关联，这可能才是最大的难点。
现阶段，临床结果只能通过替身模型实验预测。
能够与临床药效达到90%以上相关性的，只有PDX模型的药效试验。

同花顺

谢邀。肿瘤基因检测在技术层面上，有两层含义，一个是检测即实验技术，一个是解读应用。题主所说的靶向用药基因检测、疗效基因检测、易感基因检测和早筛，实际上是这么几个东西：
---------------1、靶向用药伴随诊断靶向药物顾名思义是针对特定靶点的药物。这类药物的特点是，疗效显著，副作用较小，对人群具有高度选择性。通过特定的基因检测筛选最有可能获益的人群，即是靶向用药的伴随诊断。这种伴随诊断经常与药物研发共同开发出来，有充足的临床数据，技术层面和解读层面都比较成熟。a.基因突变例：肺癌EGFR-TKIs药物：EGFR突变基因突变检测的常用技术包括基因测序法、ARMS-PCR法、HRM-PCR法等。目前大家推荐的是ARMS法，因为很灵敏，特异性好，而且操作简单。说到技术难点，应该是使用血液样本检测的技术。所以总结起来，在肿瘤中检测基因突变，最核心的问题是灵敏度。为什么呢？在组织样本中，会有不同比例肿瘤细胞和正常细胞，而在肿瘤细胞中，突变的细胞也是占据了一定的比例（具体这两个比例是多少，每个样本都不一样），如果技术不够灵敏，可能就会出现发生了突变而检测不出来的情况；而在血液样本中，这种要求就更高，因为使用血液检测肿瘤基因突变，是通过血液当中的游离肿瘤DNA（ctDNA）来检测突变情况，而血液当中绝大部分是正常的基因组DNA（来源于血细胞），ctDNA含量非常不稳定，可能极低。灵敏度包括两方面的技术，一是提取和富集的技术，二是检测的技术。这里不再具体展开介绍。b.融合基因例：肺癌ALK-TKIs药物：EML4-ALK融合基因融合基因检测的常用技术包括荧光原位杂交（FISH）、荧光定量PCR法等。目前金标准是FISH，因为FISH直接而客观。但仍然存在操作复杂、通量低等不足之处。荧光定量PCR更加方便，但只能检出已设计好的融合类型。所以总结起来，检测融合基因的技术难点，在于是否能够准确发现融合状态（常见融合方式和少见融合方式），以及试剂和操作流程的可靠性、稳定性。c.基因拷贝数变异（或称基因扩增，CNVs）例：乳腺癌anti-HER2药物：HER2基因扩增CNV检测的常用技术为荧光原位杂交（FISH）。也有使用免疫组织化学方法进行检测，但其测定的并非CNV本身，而是与CNV相关的，蛋白的表达情况。目前CNV的金标准是FISH。----------------------
2.化疗药物疗效检测化疗药物是杀伤增殖细胞的药物。这类药物通常通过作用于特定的信号通路杀伤增殖期的肿瘤细胞，另外，其在体内的代谢情况也影响到血药浓度从而影响最终的治疗效果。这类检测也有充足的临床数据，技术层面和解读层面都相对成熟。a.基因表达例：铂类药物：ERCC1基因表达基因表达检测的常用技术为荧光定量PCR法。基因表达检测的技术难点在于判断标准。不同于基因突变或基因融合，是一个定性的结论，有或无，判断基因表达水平的高低，需要一个参考体系，而这一体系在不同的实验室中是不一样的，通常来说，检测基数越大，参考体系越可靠。b.基因多态性例：多种化疗药物：ABCB1（MDR1）基因多态性基因多态性检测的常用技术为基因测序法、ARMS-PCR法等。基因多态性和基因突变（此处特指单碱基突变）的本质没有不同，都是在基因序列上的单个碱基发生改变，差别在于基因多态性要么一半变异，要么全部变异，因此对检测的灵敏度没有什么要求。基因多态性检测没有什么难点。-------------------------
3.肿瘤易感基因检测肿瘤的发生发展是一个外部环境与机体内环境共同作用的结果。肿瘤具有遗传易感性，但不同的基因、不同的肿瘤，这种影响程度大不相同。这种检测有一定的临床数据，技术层面相对不难，而解读是这个检测的核心难点。随基因变异-肿瘤发病相关程度的高低又分为：a.肿瘤遗传基因检测例：遗传性乳腺癌-卵巢癌综合征HBOC：BRCA1/BRCA2基因检测被称之为遗传基因的，其对肿瘤发病的影响是十分巨大的。在不进行临床干预的情况下，携带者中大部分人最终都会罹患癌症。对于这一类基因，国外的研究非常多，数据库也很丰富，解读和应用也相对成熟（如哪些变异有影响，哪些变异没影响，哪些影响大，哪些影响小。携带者应如何进行预防和早筛的策略等）。国内目前这一领域才刚起步，当然可以借助于国外现有的一些基础（人种差异主要是体现在流行病学的差异，而同样的基因变异则会引起同样的结果，这个是没有差异的。举例来说就是ABC三个基因型，A正常，B发病率提高10倍，C发病率提高8倍，然后a人种主要是A/B两种，b人种主要是A/C两种，a发现B是致病基因，b中偶尔有发现携带B基因型，同样发病率提高10倍，但是多见的C却没人知道），但还是必须建立自己的数据库。实验技术而言，主要是基因测序法和高通量基因测序法（NGS，二代测序/新一代测序），以及基因芯片。目前的技术水平来说，不存在什么难点。（遗传基因没有热点突变，没有热点突变，没有热点突变，不做基因全长的都是耍流氓，都是耍流氓，都是耍流氓）肿瘤遗传基因检测的核心在于数据解读。检出有什么变异是不直接产生意义的，变异与疾病的关系才是核心，而这些数据只能通过整合已有数据库，不断积累新的数据（有些变异分析可推测如何影响蛋白功能，但仍需实例验证）。变异与疾病的关系越明确、越精确，对受检者来说就越有价值。b.肿瘤易感基因检测缺乏数据，缺乏解读和应用的方案，目前仅限于科研层面。不建议商业应用！不建议临床使用！-----------------------
4.肿瘤早期筛查肿瘤生长是以指数速度进行的，早期癌症和晚期癌症预后天差地别，早期发现是重中之重。核心就是灵敏度和特异性，其中又以灵敏度为甚。目前没有成熟的，用于早期筛查的肿瘤基因检测项目，因为无法很好地解决肿瘤异质性的问题。在基因层面，肿瘤是各不相同的。肺癌和乳腺癌不同，肺癌和肺癌不同，同一个肺癌患者有在不同阶段也不同，同一个肺癌患者在同一阶段，不同的肿瘤细胞也不同。目前还没有找到某个或某组目标，通过检测它，就能下结论。此外，早期筛查的情况，使用的样本应该是外周静脉血。这就回到了另一个技术层面的难点，即使身体存在隐匿的肿瘤病灶，外周血当中ctDNA的含量可能是极其极其微少而难以检出的。如果使用其他的样本，在提高了部分肿瘤的检出率后，又增加了应用的局限性。比如使用粪便样本，对消化系统肿瘤的针对性更强，但对其他的肿瘤就没什么作用。肿瘤早期筛查的难点在于下列组合：合适的biomarkers/适用的样本/足够灵敏的技术

以上，欢迎大家共同探讨。