比较基因组测序和免疫组测序

千姿百态

这个星期在加州访问了几个地方：先是在圣地亚哥访问Genoptix, BioLegend, 然后去旧金山访问ThermoFisher, Illumina，Roche, BD, 最后是UCSF。目的是商业合作（投资并购，市场研发）和科研项目合作。

ThermoFisher 有他们自己的高通量测序平台，Ion Torrent. 我们研发的试剂是兼容的，在他们的技术平台上结果也不错。因为他们对免疫组测序还不是很了解，我 准备了下面这张幻灯片概括介绍一下，重点是说，都是高通量测序，遗传学研究和免疫组研究到底有哪些异同：



比较基因组测序和免疫组测序
两 者都是通过比较病人群体和正常对照组来寻找疾病信号；遗传学是反复测已知的基因组找突变，而免疫组测序每个标本都不同；遗传学研究基因组大小，SNPs数 目都是固定的。免疫组则未知；基因组生下来就不变了（体细胞突变除外），免疫组则每天都在更新；遗传学研究的是基因型，免疫组更接近表现型；遗传学研究偏 重生理，免疫学则注重病理（不是病免疫系统就不关心）；遗传学研究是突变和代谢途径的关系，免疫组的研究目的是寻找可以帮助诊断的生物标记物；遗传学研究 的结果可以用来推测未来患某种疾病的可能性，免疫学则研究今天的健康和疾病状况；遗传学研究是一个很好的基础科研工具，免疫组研究更接近临床。

所有这些差别实际上都是因为两者几本假设的不同：遗传学认为所有表现型（疾病）都有相对应的基因型改变，所以疾病诊断信号可以在基因组中找到；而免疫组研究则认为所有疾病都有相关抗原表达变异，所以可以通过查特异性T或者B细胞受体来诊断。

前几年的热门技术GWAS烧掉了很多钱，可是能用于临床诊断的SNPs几乎没有，顶多是“增加将来患病机率”。也许，这条路本来就走不通？打个比方，你在路边看到了一个出事故的车，是设计和生产的问题（遗传），还是路况不好或者酒驾导至的（环境）？

前几年美国政府逼迫丰田公司召回Toyota车，因为有消费者报道说汽车会无缘无故加速，停不下来，导至车祸。可是汽车公司怎么查都找不到原因，绝大多数车都没有问题，很难说是设计的问题。无端加速的问题也重复不出来。很难说不是驾驶者或者和驾驶环境（天气，路况）有关。

GWAS海量筛查病人，结果许多常见病还是没有找到什么特异性信号。或许就和汽车事故一样，不是设计制造的问题，而是使用不当或者自然老化的问题。如果是那样，免疫组测序或许就更容易找到信号了。

遗传是命，环境是运。命中注定的难改，运气我们还有些把握的机会。

来源：韩健博客