粪便 mNGS 一查，结果更糊涂？

夜班收治一位 72 岁男性，感染性休克。入院时乳酸升高、去甲肾上腺素（Norepinephrine, NE）维持血压，腹胀、肠鸣音弱，既往长期卧床、近期广谱抗生素暴露。腹部 CT 没看到明确穿孔或脓肿，仅提示肠壁水肿、少量腹水。血培养暂未回报，痰培养混杂。值班同事说：“担心肠源性菌群入血，先把粪便做个宏基因组测序（Metagenomic Next-Generation Sequencing, mNGS）看看，别等到来不及。”

第二天粪便 mNGS 回来：肺炎克雷伯菌、屎肠球菌、白色念珠菌、拟杆菌属、梭菌属……一长串，还带若干耐药基因。团队一度很紧张：是不是要把抗菌谱加到“覆盖所有”？是不是要加抗真菌？是不是要升级到碳青霉烯+糖肽+棘白菌素？

这类场景，在 ICU 并不少见。问题是：做粪便 mNGS，到底是在帮助决策，还是在制造噪音与误导？

一、先把逻辑捋清：粪便里“有菌”是常态，不是诊断

肠道本来就是人体最大的微生物库，“在粪便里检出细菌/真菌”几乎是必然。危重症状态、肠道灌注不足、肠黏膜屏障受损、营养改变以及广谱抗生素使用，会让肠道微生态迅速从“多样性丰富的共生群落”塌缩为“低多样性、条件致病菌占优势的‘病理群落（pathobiome）’”。这并不等同于“这些菌正在侵袭并导至脓毒症”，但它确实意味着：你更容易在报告里看到‘可疑致病菌’成片出现^【1-4】。 换句话说：粪便 mNGS 更像是在回答“肠道里有什么”，而不是在回答“谁在血里/腹腔里作恶”。

二、为什么粪便 mNGS 在 ICU 特别容易“看上去很吓人”

1）危重症会把“背景菌”推到台前

多项 ICU 微生物组研究显示，危重症常见特征是多样性下降、肠杆菌科（如肠杆菌、克雷伯菌）扩张，与院内感染风险、免疫反应失衡相关^【3-5】。于是你做粪便 mNGS，看到克雷伯菌、肠球菌“高丰度”，并不稀奇——这可能是“危重症生态位”而非“侵袭证据”。

2）“检出”≠“致病”，这是 mNGS 的核心陷阱

mNGS 的已知难点之一，就是区分定植、污染、正常菌群与真正感染；此外，流程、数据库、报告阈值与解读标准不统一，也会放大误读风险^【6-8】。对粪便这种“本就多菌”的标本，上述问题更突出：报告越长，越容易让人产生“必须都覆盖”的错觉。

3）耐药基因“看得到”，但不等于“此刻就该按它开药”

粪便宏基因组能提示耐药基因谱，但耐药基因与具体菌株、表达水平、是否导至当前感染之间并非一一对应；把“耐药基因”直接转译为“升级抗菌药”的确定性证据，风险很高（过度治疗、生态破坏、真菌替代、艰难梭菌相关腹泻等）。

三、那“肠源性入血”到底存不存在？存在，但需要更严格的证据链

“肠道菌群移位/转位（bacterial translocation）”作为概念并不新，肠屏障受损与系统炎症、器官功能障碍之间的关联也有大量机制与临床研究支持^【2-4】。 更进一步，有研究在特定人群/特定设计下观察到“肠道定植先于血流感染”，并通过基因组层面的方法去做关联^【9】。 关键在于：“肠源性”是一个需要“匹配证据”的诊断，不是一个靠粪便 mNGS 单点结果就能成立的推断。

四、把“预先做粪便 mNGS”拆成一个可执行的临床问题

建议把决策拆成 4 步，用来判断它是“信息增益”还是“噪音放大”。

第 1 步：你希望它回答什么问题？（先写在病程里）

常见的期待有三类：          
1）“是否存在肠源性致病菌入侵？”          
2）“是否需要升级或扩大抗菌谱？”          
3）“是否存在需要隔离/院感关注的高危定植（如 CRE/VRE）？”

如果你真正想回答的是 1）或 2），那粪便 mNGS 单独做，往往回答不了；因为它缺乏“无菌部位证据”。这也是最常见的“误导来源”^【6-8】。

第 2 步：有没有更该优先的“无菌部位”样本？

怀疑脓毒症，优先级通常是：

· 血培养（规范采集、足量、尽量在抗菌药前）

· 影像提示的无菌腔隙（腹水、脓肿穿刺液等）

· 需要时可考虑血浆 mNGS 作为补充，但同样必须结合临床语境解读^【6-8】

无菌部位阳性 + 临床符合感染，才有更强的可解释性；而粪便天然不具备这一点。

第 3 步：如果已经做了粪便 mNGS，如何“去噪”解读？

我们更倾向于用“三问”把它从“病原学证据”降级为“生态/线索证据”：

（1）临床综合是否支持“肠道为主要感染源”？
是否存在：腹膜刺激征、明确腹腔感染灶、坏死性肠炎/缺血坏死、穿孔、脓肿、吻合口瘘等。若缺乏这些，粪便报告再“吓人”，也多半是背景噪音。

（2）是否出现“优势单菌占位”并与病程高度同向？
真正具有提示意义的，常是“单一或少数病原体显著优势 + 与炎症反应/休克同步上升 + 其他部位证据同向”。即便如此，也仍是“提示”，不是“定论”。

（3）能否建立“同一菌”的跨部位一致性？
最理想是：血培养/腹腔标本培养或无菌部位 mNGS 与粪便在“同一物种/同一菌株层面”一致。没有这种一致性时，把粪便结果直接转成处方，风险较高^【6-8】。

第 4 步：它在 ICU 什么时候更可能“有意义”？

相对更有意义的情形，往往不是为了“指导当下扩谱”，而是用于：          
1）MDRO 定植筛查与院感管理：例如 CRE/VRE 风险评估、队列管理（更常用的是靶向培养/分子方法；宏基因组可作为研究或补充线索）。          
2）特定免疫缺陷人群的腹泻/暴发线索：如移植、血液肿瘤、暴发性腹泻病原线索（但临床上仍需与标准病原学检测互证）。          
3）科研问题：ICU 肠道微生态与预后、二次感染、耐药基因库演变等——这是粪便 mNGS 的主场^【1-5】。

五、回到开头病例：怎样避免“被粪便 mNGS 带节奏”？

这个病例里，如果没有明确腹腔感染灶、没有无菌部位一致证据，那么粪便 mNGS 最合理的定位是：          
“提示危重症相关肠道失衡与条件致病菌扩张”，而不是“直接指挥升级全覆盖”。

更稳健的路径是：          
1）把“源控制与无菌部位证据”放在首位（血培养、影像、必要时穿刺/外科评估）。          
2）抗菌药物按“最可能感染源 + 当地流行病学 + 抗菌药暴露史”来做初始经验性覆盖，然后根据培养/临床反应去收窄。          
3）把粪便 mNGS 视为“背景与风险提示”，除非它与无菌部位证据形成闭环。          
4）警惕“看见念珠菌就加抗真菌”的惯性：粪便里检出念珠菌多为定植线索，除非存在侵袭性真菌感染的临床与无菌部位证据支持^【6-8】。

六、给 ICU 同行的一句话总结

“预先做粪便 mNGS”最常见的价值，不是帮你‘锁定病原并扩谱’，而是告诉你‘这个病人的肠道生态正在塌缩、条件致病菌在扩张’。
如果把它当作“肠源性脓毒症的确诊手段”，就很容易从“信息”走向“误导”。

参考文献

1.Alverdy J C, Krezalek M A. Collapse of the microbiome, emergence of the pathobiome, and the immunopathology of sepsis[J]. Critical care medicine, 2017, 45(2): 337-347.

2.Klingensmith N J, Coopersmith C M. The gut as the motor of multiple organ dysfunction in critical illness[J]. Critical care clinics, 2016, 32(2): 203.

3.Krezalek M A, DeFazio J, Zaborina O, et al. The shift of an intestinal “microbiome” to a “pathobiome” governs the course and outcome of sepsis following surgical injury[J]. Shock, 2016, 45(5): 475-482.

4.Soranno D E, Coopersmith C M, Brinkworth J F, et al. A review of gut failure as a cause and consequence of critical illness[J]. Critical Care, 2025, 29(1): 91.

5.Schlechte J, Zucoloto A Z, Yu I, et al. Dysbiosis of a microbiota–immune metasystem in critical illness is associated with nosocomial infections[J]. Nature medicine, 2023, 29(4): 1017-1027.

6.Simner P J, Miller S, Carroll K C. Understanding the promises and hurdles of metagenomic next-generation sequencing as a diagnostic tool for infectious diseases[J]. Clinical Infectious Diseases, 2018, 66(5): 778-788. 

7.Gu W, Miller S, Chiu C Y. Clinical metagenomic next-generation sequencing for pathogen detection[J]. Annual review of pathology: mechanisms of disease, 2019, 14(1): 319-338.

8.Qian M, Zhan Y, Wu D, et al. Clinical standardization of metagenomic next generation sequencing (mNGS) in the pathogen diagnosis[J]. Clinical and Translational Discovery, 2021, 1(1): e12.

9.Schwartz D J, Shalon N, Wardenburg K, et al. Gut pathogen colonization precedes bloodstream infection in the neonatal intensive care unit[J]. Science translational medicine, 2023, 15(694): eadg5562.

10.Luan F, Zhou Y, Ma X, et al. Gut microbiota composition and changes in patients with sepsis: potential markers for predicting survival[J]. BMC microbiology, 2024, 24(1): 45.